Tramite i propri organismi settoriali l'Unione cura la tutela dei singoli comparti operativi, con sede presso l'UNCI nazionale, l'ANCEA (Cooperative Edilizie di Abitazione), l'ANCOPROL (Coperative di Produzione e Lavoro), l'UNCI PESCA, l'ASCAT (Cooperative Agricole e di Trasformazione), l'ANCOS (Associazione Nazionale delle Cooperative Sociali); CAA UNCI l'assistenza dell'imprenditoria agricola e dei coltivatori diretti sul territorio è garantita dall'UNCI attraverso il nuovo C.A.A. (Centro autorizzato di Assistenza Agricola) costituito presso la sede nazionale, con il compito di potenziare la salvaguardia del settore agricolo ed agroalimentare nonché ottenere i contributi approvati dall'Unione Europea.